中国疾控中心与欧洲疾控中心于2007年签署了合作谅解备忘录，在传染病的预防和控制方面开展了密切合作。

　　在2008年北京奥运会期间，欧洲疾控中心通过其公共卫生威胁追踪系统进行信息收集和分析评估,向中方每日提供在前24小时国际卫生信息和传染病威胁报告，为中国奥运期间传染病预测、预警工作提供参考。2009年甲流暴发期间，中国疾控中心适时与欧洲疾控中心举行视频技术会议，加强信息共享和防控策略研讨，之后双方还就公共卫生快速风险评估方法，国家级风险评估指南等开展合作。在2013年人感染H7N9禽流感疫情暴发和2020起新冠疫情大流行期间，双方建立定期沟通机制，就疫情关注议题进行信息交流和技术沟通，分享风险评估报告，加强双方的技术研判能力。 

　　双方主任在2017年和2018年进行了互访和年度会晤，在流感等传染病监测信息分享、应急防控策略与风险评估等合作基础上，确定了在更多领域的合作，包括疫苗可预防疾病、流行病学信息和应对、健康沟通和全球卫生等。